Introducción
La extracción de ADN de suelo se ve dificultada por la compleja composición de las muestras, que incluye poblaciones microbianas diversas, una distribución variable de la biomasa y concentraciones elevadas de inhibidores coextraídos. Los métodos de extracción directa se utilizan ampliamente para maximizar la recuperación de ADN microbiano total, pero suelen presentar dificultades relacionadas con la eficacia de la disrupción celular, la contaminación por ácido húmico y la variabilidad del rendimiento de ADN.
HiPure Soil DNA Kit se ha desarrollado para abordar estos retos mediante la combinación de disrupción mecánica y una química de purificación optimizada. El flujo de trabajo permite una lisis eficaz de bacterias y hongos y reduce inhibidores coextraídos, como sustancias húmicas e iones metálicos solubles, favoreciendo una recuperación fiable de ADN de distintos tipos de suelo.
Dentro de los sistemas de extracción de ADN microbiano de Magen, este kit constituye la solución estándar basada en columna para estudios del microbioma del suelo. Para el procesamiento de alto rendimiento, los laboratorios pueden consultar HiPure Soil DNA 96 Kit, mientras que los flujos de trabajo automatizados pueden realizarse con MagPure Soil DNA Kit.
Detalles
Especificaciones
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Características
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Especificaciones
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Funciones principales
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Aislamiento de ADN a partir de 200–500 mg de muestra de suelo
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Aplicaciones
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PCR, Southern blot, digestión enzimática y otras aplicaciones
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Método de purificación
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Minicolumna de centrifugación
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Tecnología de purificación
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Tecnología de sílice
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Método de procesamiento
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Manual, mediante centrifugación o vacío
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Tipo de muestra
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Suelo
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Cantidad de muestra
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200–500 mg
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Volumen de elución
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≥30 μL
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Tiempo por procesamiento
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60–70 minutos
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Capacidad de carga líquida por columna
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800 μL
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Capacidad de unión de la columna
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100 μg
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Principio de extracción
Las muestras de suelo se someten inicialmente a disrupción mecánica asistida por perlas combinada con lisis química para liberar el ADN microbiano de matrices complejas. Después de la lisis, los residuos insolubles y las sustancias inhibidoras se reducen mediante una etapa de limpieza basada en adsorbentes, diseñada para eliminar ácidos húmicos y otros contaminantes.
En condiciones de unión optimizadas, el ADN se adsorbe selectivamente en una membrana de sílice y se purifica mediante lavados sucesivos para eliminar inhibidores residuales e impurezas solubles. A continuación, el ADN genómico purificado se eluye para su análisis molecular posterior.
Características de ingeniería
Lisis asistida por perlas para poblaciones microbianas complejas
La disrupción mecánica con tubos de perlas, combinada con lisis química basada en SDS y tratamiento térmico, favorece la liberación de ADN de bacterias, hongos y otros microorganismos presentes en muestras de suelo y ambientales.
Eliminación de inhibidores basada en adsorbentes
El flujo de trabajo incorpora una Absorber Solution diseñada para reducir sustancias húmicas, pigmentos y otros inhibidores procedentes del suelo que pueden interferir con PCR, digestión enzimática y aplicaciones relacionadas con la secuenciación.
Sistema optimizado de purificación en columna
Después de eliminar los inhibidores y ajustar las condiciones de unión, el ADN se purifica mediante un flujo de trabajo con columna de sílice y etapas de lavado específicas para reducir sales residuales, compuestos húmicos y contaminantes ambientales solubles.
Opciones flexibles de disrupción
La disrupción de la muestra puede realizarse mediante vórtex de alta velocidad o instrumentos de molienda con perlas, lo que permite seleccionar un flujo de trabajo práctico según la dificultad de la muestra, el rendimiento requerido y el equipo disponible.
Validación técnica
HiPure Soil DNA Kit se validó utilizando varios tipos de suelo, incluidos suelo de manglar, suelo forestal, suelo agrícola, suelo de zonas mineras, sedimentos de aguas residuales y suelo de zonas de residuos. Se recuperó ADN de todas estas matrices, reflejando la variabilidad esperada de la biomasa microbiana y del fondo de inhibidores entre las muestras de suelo.
El ADN de suelo purificado se evaluó mediante amplificación por PCR de 16S bacteriano. Se obtuvieron productos de amplificación nítidos en las muestras analizadas, lo que respalda la eliminación eficaz del ácido húmico y de otras sustancias inhibidoras de la PCR durante el flujo de trabajo de extracción.
Una evaluación adicional del adsorbente mostró que la etapa de eliminación de inhibidores no produjo una pérdida evidente de ADN de suelo en las condiciones evaluadas. La recuperación del marcador de ADN y las comparaciones de extracción de suelo mostraron perfiles similares entre los lotes de adsorbente evaluados y los flujos de trabajo de control, lo que respalda una limpieza estable sin comprometer la recuperación de ADN.
Kit Contents - D3142
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Contents
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D314202
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D314203
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Purification Times
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50 Preps
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250 Preps
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Hipure DNA Mini Columns II
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50
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250
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2ml Collection Tubes
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50
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250
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2ml Bead Tubes
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50
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250
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Buffer SOL
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60 ml
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250 ml
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Buffer SDS
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5 ml
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20 ml
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Buffer PS
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10 ml
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50 ml
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Absorber Solution
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10 ml
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50 ml
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Buffer GWP
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40 ml
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220 ml
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Buffer DW1
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30 ml
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150 ml
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Buffer GW2*
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20 ml
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2 x 50 ml
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Buffer AE
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15 ml
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30 ml
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Kit Contents - D3142C (Update of D3142)
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Contents
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D314202C
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D314203C
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Purification Times
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50 Preps
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250 Preps
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Hipure DNA Mini Columns II
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50
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250
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2ml Collection Tubes
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50
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250
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2ml Bead Tubes
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50
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250
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Buffer STL
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50 ml
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250 ml
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Buffer SL
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15 ml
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60 ml
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Buffer GWP
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80 ml
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2 x 180 ml
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Buffer GW2*
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20 ml
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2 x 50 ml
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Buffer AE
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15 ml
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60 ml
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Storage and Stability
Absorber Solution should be stored at 2-8°C upon arrival. However, short-term storage (up to 24 weeks) at room temperature (15-25°C) does not affect their performance. The remaining kit components can be stored dry at room temperature (15-25°C) and are stable for at least 18 months under these conditions.
Experiment Data
