Introducción
Proceso rápido y de alto rendimiento para la eliminación de terminadores fluorescentes, basado en tecnología de perlas paramagnéticas. Este formato no requiere centrifugación ni filtración y puede utilizarse fácilmente en procedimientos manuales o integrarse en sistemas totalmente automatizados para el procesamiento de alto rendimiento. Su eficaz rendimiento de purificación favorece la obtención de secuencias con mayores longitudes de lectura Phred 20 y una elevada intensidad de señal.
Detalles
Especificaciones
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Características
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Especificaciones
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Funciones principales
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Eliminación de terminadores fluorescentes libres de las reacciones de secuenciación (alternativa a Beckman Coulter Agencourt CleanSEQ)
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Aplicaciones
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Secuenciación automatizada
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Tecnología de purificación
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Tecnología de perlas magnéticas
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Método de procesamiento
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Manual o automatizado
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Tipo de muestra
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Productos de reacción de secuenciación que contienen terminadores fluorescentes
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Volumen de muestra
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5 μl
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Recuperación
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90 %
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Volumen de elución
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≥25 μl
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Tiempo de procesamiento
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≤50 minutos
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Principio
El método CleanSeq utiliza partículas magnéticas suspendidas en un tampón de unión optimizado para capturar selectivamente los productos de extensión generados durante la secuenciación. El protocolo puede realizarse directamente en la placa de termociclado. Los terminadores fluorescentes no incorporados, los nucleótidos, las sales y otros contaminantes se eliminan mediante un sencillo procedimiento de lavado. Al no requerir centrifugación ni filtración al vacío, el proceso de purificación puede integrarse en diversas plataformas de automatización.
Validación técnica
CleanSeq Beads se evaluaron como reactivo de perlas magnéticas para la eliminación de terminadores fluorescentes y la purificación de reacciones de secuenciación. El flujo de trabajo utiliza partículas magnéticas en un sistema de unión optimizado para capturar los productos de extensión de la secuenciación, mientras que los terminadores fluorescentes no incorporados, los nucleótidos, las sales y otros contaminantes de la reacción se eliminan mediante lavados con etanol.
Los ensayos de recuperación de marcadores de ADN a macroescala mostraron que el procedimiento con perlas DTR permitía recuperar los fragmentos del marcador tras las etapas de unión, lavado con etanol y elución con agua. El análisis mediante electroforesis en gel de agarosa confirmó una recuperación eficaz, con un rendimiento aproximado del 80 % en las condiciones evaluadas.
La recuperación de marcadores a microescala se evaluó adicionalmente utilizando una entrada de 20 ng de marcador de ADN. El secado a temperatura ambiente antes de la elución favoreció una mayor recuperación, con valores de aproximadamente el 85 % y de hasta el 98,4 % en las muestras analizadas. En cambio, el secado a 65 °C durante 3 minutos redujo la recuperación hasta aproximadamente el 69–79 %, lo que indica que un secado excesivo puede disminuir la eficacia de la elución.
Estos resultados respaldan el uso de CleanSeq Beads en flujos de trabajo de purificación para secuenciación Sanger que requieren la eliminación de terminadores fluorescentes, el procesamiento mediante perlas magnéticas y la compatibilidad con procedimientos manuales o automatizados de alto rendimiento. Para favorecer una recuperación óptima, se recomienda realizar el secado a temperatura ambiente y evitar el secado excesivo antes de la elución.
Kit Contents
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Contents
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BCS-5
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BCS-50
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BCS-500
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CleanSeq Beads
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5 ml
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50 ml
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500 ml
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Storage and Stability
CleanSeq Beads should be stored at 2-8°C upon arrival and is stable up to 6 months under the condition. However, short-term storage (up to 12 weeks) at room temperature (15-25°C) does not affect its performance. Mix CleanSeq Beads well before using. The reagent should appear homogenous and consistent in color.
DO NOT FREEZE.
