Introducción
MagPure Pathogen DNA/RNA Enrich Kit es un sistema de extracción y enriquecimiento orientado a mNGS para muestras con alto contenido de material del hospedador, donde los ácidos nucleicos humanos pueden interferir con la detección de patógenos de baja abundancia. El kit está diseñado para reducir el fondo de ácidos nucleicos derivado de la muestra y aumentar la proporción relativa de ADN/ARN de patógenos antes de la preparación para la secuenciación posterior.
Su principal valor reside en la reducción específica del fondo del hospedador y el enriquecimiento de patógenos, ayudando a recuperar material de patógenos tanto de fracciones líquidas como asociadas a sedimentos, mientras limita el arrastre excesivo de ADN humano. Dentro del portafolio de extracción de patógenos de Magen, R6672C se posiciona como el flujo de trabajo avanzado de enriquecimiento para mNGS en sangre y otras aplicaciones de secuenciación con alto contenido del hospedador. Para la extracción directa de patógenos orientada a tNGS sin enriquecimiento, los laboratorios pueden considerar MagPure Pathogen DNA/RNA Kit B (R6672B).
Detalles
Flujo de trabajo
Descripción general del flujo de trabajo
MagPure Pathogen DNA/RNA Enrich Kit utiliza un flujo de trabajo específico de reducción del fondo del hospedador y enriquecimiento de patógenos antes de la purificación mediante perlas magnéticas. La muestra se separa inicialmente en una fracción líquida retenida y una fracción de sedimento. La fracción líquida conserva los ácidos nucleicos asociados a virus y micoplasmas, mientras que la fracción de sedimento se procesa para reducir el fondo derivado del hospedador y recuperar patógenos microbianos asociados al sedimento. Tras el enriquecimiento, ambas fracciones se combinan y se purifican mediante unión a perlas magnéticas, lavado, secado y elución. Este flujo de trabajo está diseñado para la preparación orientada a mNGS de sangre y otras muestras con alto contenido de material del hospedador.
Lógica de manipulación de muestras
Este flujo de trabajo aborda una limitación clave de los métodos de clarificación directa: las bacterias, hongos o materiales microbianos asociados a células presentes en el sedimento pueden perderse si el pellet se descarta, mientras que la lisis directa del pellet puede introducir un exceso de ADN humano. R6672C procesa el sedimento mediante reducción del fondo del hospedador, tratamiento con DNasa y disrupción microbiana en tubo con perlas antes de combinarlo con el sobrenadante retenido. Este diseño ayuda a conservar la señal de patógenos mientras controla el fondo derivado del hospedador antes de la purificación posterior.
Tiempo y características del flujo de trabajo
Bajo una operación manual habitual, el flujo de enriquecimiento requiere un tiempo de procesamiento más largo que las rutas de extracción directa, ya que incluye separación de fracciones, reducción del fondo del hospedador, tratamiento con DNasa, disrupción en tubo con perlas y recombinación antes de la purificación mediante perlas magnéticas. Este flujo de trabajo se utiliza cuando una mayor recuperación de patógenos y una reducción del fondo del hospedador son más importantes que minimizar el tiempo de manipulación. Para consultar las condiciones paso a paso, la guía del flujo de trabajo y los tiempos estimados de procesamiento, consulte la sección Workflow Note dentro de la sección Download.
Especificaciones
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Características
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Especificaciones
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Funciones principales
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Extracción de ADN/ARN de patógenos a partir de 1,0-1,5 ml de sangre total, plasma, suero, fluidos corporales, suspensión de homogeneizado, solución de cultivo, suspensión celular, solución de inmersión o solución concentrada de patógenos para aplicaciones de mNGS/tNGS, con eliminación del fondo de ácidos nucleicos del hospedador.
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Aplicaciones
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PCR en tiempo real, análisis mediante biochip, NGS
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Productos
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ADN/ARN de patógenos
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Método de purificación
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Perlas magnéticas polidispersas
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Tecnología de purificación
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Tecnología de perlas magnéticas
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Método de procesamiento
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Manual o automatizado
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Tipo de muestra
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Sangre total, plasma, suero, fluidos corporales, suspensión de homogeneizado, solución de cultivo, suspensión celular, solución de inmersión o solución concentrada de patógenos
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Cantidad de muestra
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1,0 - 1,5 ml
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Instrumentos compatibles
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Extractor de ácidos nucleicos, estación de trabajo de pipeteo
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Principio de extracción
Las muestras biológicas complejas suelen contener abundante ADN del hospedador liberado por células lisadas, mientras que los genomas microbianos y virales están presentes en niveles mucho más bajos. Para abordar este desequilibrio, MagPure Pathogen DNA/RNA Enrich Kit incorpora una etapa de reducción de ácidos nucleicos del hospedador antes de la purificación de ácidos nucleicos de patógenos.
Durante la etapa inicial de tratamiento, la digestión con DNasa degrada selectivamente el ADN del hospedador expuesto. Los ácidos nucleicos microbianos y virales permanecen protegidos dentro de paredes celulares intactas o partículas virales durante este proceso. La posterior lisis química libera los ácidos nucleicos de patógenos, que son capturados mediante perlas magnéticas bajo condiciones de unión caotrópicas y purificados mediante etapas de lavado y elución.
Características de ingeniería
El sistema integra la reducción de ácidos nucleicos del hospedador con la purificación mediante perlas magnéticas en un flujo de trabajo compatible con plataformas automatizadas de extracción.
Los principales elementos de ingeniería incluyen condiciones controladas de digestión con DNasa para reducir el fondo de ADN del hospedador, una química optimizada de unión a perlas para una recuperación eficiente de ácidos nucleicos fragmentados y un rendimiento de purificación estable a partir de mayores volúmenes de entrada. Los reactivos se procesan para minimizar los ácidos nucleicos de fondo, ayudando a reducir posibles interferencias de ADN derivado de reactivos en los flujos de trabajo de secuenciación. Estas características favorecen aplicaciones de secuenciación de patógenos donde el ADN del hospedador o ambiental podría dominar las lecturas de secuenciación.
Kit Contents
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Contents
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R667200C
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R667202C
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Purification Times
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24 Preps
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96 Preps
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2ml Bead Tube (0.4g)
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24
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96
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DNase I (Powder)
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10 mg
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15 mg
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DNase Buffer
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5 ml
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20 ml
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Protease Dissolve Buffer
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3 ml
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10 ml
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Lysis Buffer LBX1
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40 ml
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180 ml
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Buffer TL
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5 ml
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30 ml
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Proteinase K
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24 mg
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120 mg
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Particles MPN9
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1.2 ml
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5 ml
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Buffer MLB
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30 ml
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120 ml
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Buffer MW1*
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13 ml
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110 ml
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Buffer MW2*
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10 ml
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50 ml
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Buffer AVE
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10 ml
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20 ml
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Storage and Stability
Proteinase K, DNase I powder and Particles MPN9 should be stored at 2–8°C upon arrival. However, short-term storage (up to 8 weeks) at room temperature (15–25°C) does not affect their performance. The remaining kit components can be stored at room temperature (15–25°C) and are stable for at least 18 months under these conditions.
Guía de Compra
Para seleccionar el sistema de extracción de ácidos nucleicos virales o de patógenos más adecuado según el tipo de muestra, el ácido nucleico objetivo, las necesidades de automatización y las aplicaciones posteriores:
👉 Guía de selección de kits de extracción de ácidos nucleicos virales y de patógenos
Para una visión técnica más amplia de las rutas de flujo de trabajo viral / patógeno de Magen, la lógica de control de fondo y la orientación de aplicaciones PCR, tNGS o mNGS:
👉 Magen Viral / Pathogen Workflows Explained
Para consultar notas de flujo de trabajo detalladas que cubren rutas representativas de extracción y enriquecimiento de patógenos:
👉 IVD6672 Pathogen DNA/RNA Extraction Workflow Note
👉 R6672B Low-Background Pathogen DNA/RNA Extraction Workflow Note
👉 R6672C Host-Background Reduction and Pathogen Enrichment Workflow Note
👉 IVD4179 Column-Based Pathogen Enrichment Workflow Note
