Guía de selección de kits para extracción de ácidos nucleicos virales y de patógenos
Cómo usar esta guía
Los productos Magen para extracción de ácidos nucleicos virales y de patógenos están organizados según el objetivo del flujo de trabajo, incluyendo extracción rutinaria de ADN/ARN viral, extracción viral automatizada, extracción de patógenos orientada a PCR, extracción de ARN de patógenos en esputo, extracción de bajo fondo orientada a tNGS y reducción del fondo del huésped con enriquecimiento de patógenos para flujos orientados a mNGS.
Esta guía de compra está diseñada para apoyar la selección a nivel de producto. Para revisar los mecanismos de cada flujo, la lógica de control de fondo y las notas de flujo de trabajo paso a paso, consulte el artículo de flujo de trabajo relacionado y las páginas individuales de producto.
Explicación de los flujos de trabajo virales y de patógenos de Magen
Selección rápida según la necesidad del flujo de trabajo
Si necesita extracción rutinaria de ácidos nucleicos virales
| Situación | Kit recomendado |
|---|---|
| Extracción rápida de ADN/ARN viral para flujos de trabajo de PCR / RT-PCR | IVD4175 |
| Extracción rutinaria de ADN/ARN viral mediante columna | IVD4173 |
| Extracción de ARN viral para flujos de trabajo de RT-PCR | R4171 |
Si procesa muestras mediante sistemas de extracción automatizados
| Situación | Kit recomendado |
|---|---|
| Extracción automatizada estándar de ADN/ARN viral | IVD5412 |
| Extracción de ADN/ARN de patógenos basada en perlas magnéticas y compatible con sistemas automatizados | IVD6672 |
Si la muestra requiere liberación más amplia de patógenos o extracción de ARN de patógenos
| Situación | Kit recomendado |
|---|---|
| Muestras microbianas mixtas que requieren recuperación de ADN/ARN | IVD6672 | Ver workflow |
| Esputo extracción de ARN de patógenos, incluidos flujos de trabajo orientados a TB | IVD6672C |
Si el flujo de trabajo posterior es de secuenciación (NGS)
| Situación | Kit recomendado |
|---|---|
| Secuenciación dirigida de patógenos (tNGS) o paneles de patógenos que requieren bajo fondo de reactivos | R6672B | Ver workflow |
| Reducción del fondo del huésped y enriquecimiento de patógenos mediante columna para flujos de trabajo orientados a mNGS | IVD4179 | Ver workflow |
| Reducción del fondo del huésped y enriquecimiento de patógenos mediante perlas magnéticas para flujos de trabajo orientados a mNGS | R6672C | Ver workflow |
Notas para la selección de producto
Los kits de extracción viral suelen estar optimizados para muestras biológicas sin células o con bajo contenido celular, como plasma, suero, fluidos corporales y sobrenadantes de cultivo.
Los sistemas de extracción de patógenos están orientados a muestras en las que puede requerirse una liberación microbiana más amplia, una lisis más intensa o control de inhibidores, como esputo, homogenados de tejido, sangre total o muestras biológicas mixtas.
Para flujos de trabajo de patógenos orientados a secuenciación, especialmente mNGS en muestras ricas en material del huésped, los flujos que reducen el fondo de ácidos nucleicos derivados del huésped pueden mejorar la señal relativa del patógeno.
Formatos precargados están disponibles para la extracción automatizada de ADN/ARN viral basada en IVD5412. También pueden personalizarse formatos prellenados o listos para automatización según la plataforma instrumental y los requisitos del flujo de trabajo. Contacte con Magen para obtener detalles de compatibilidad de plataforma y configuración.
Algunos flujos de trabajo de extracción viral utilizan Carrier RNA para apoyar la recuperación de ácidos nucleicos virales de baja entrada. Debido a que el Carrier RNA puede co-recuperarse en el eluido, la concentración medida por NanoDrop, los valores A260/280 y A260/230 pueden reflejar principalmente el Carrier RNA y no necesariamente el ácido nucleico viral diana, especialmente en muestras con bajo contenido celular. En estos flujos de trabajo, las relaciones OD deben interpretarse con cautela y evaluarse junto con el tipo de muestra, la química de extracción y el desempeño posterior en PCR / RT-PCR.
Las matrices difíciles, como heces, suelo, tejido vegetal y secciones FFPE, deben evaluarse primero según la matriz de la muestra. La detección de virus o patógenos no implica automáticamente que un kit viral/de patógenos sea el flujo de trabajo más apropiado. La elección final debe ajustarse a la matriz de la muestra, la localización del objetivo, el perfil de inhibidores y el ensayo posterior.
Casos especiales: cuando la matriz de la muestra debe definirse primero
En la mayoría de las muestras líquidas rutinarias o con bajo contenido celular, los flujos de trabajo de extracción viral y de patógenos siguen siendo la opción directa. Los siguientes casos son excepciones en las que la matriz de la muestra puede definir el problema de extracción antes que el objetivo viral o patógeno.
| Muestra / escenario | Por qué un kit viral / de patógenos puede no ser la primera opción | Lógica práctica de selección | Línea de productos Magen relacionada |
|---|---|---|---|
| Tejido FFPE con objetivos virales o de patógenos | La fijación con formalina introduce entrecruzamiento, fragmentación de ácidos nucleicos y desafíos de manejo asociados a la parafina. | Comience con un flujo de trabajo de ADN/ARN para FFPE y luego considere el ácido nucleico diana y el ensayo posterior. | Kits de preparación de muestras FFPE |
| Tejido vegetal con objetivos virales o de patógenos | Los polisacáridos, polifenoles, almidón o tejidos vegetales resistentes pueden dominar el problema de extracción. | Utilice química de extracción optimizada para plantas; añada una disrupción mecánica adecuada cuando se requiera liberación microbiana o fúngica. | Kits de ácidos nucleicos vegetales |
| Heces, suelo o muestras ambientales | Las sustancias húmicas, sales biliares, residuos complejos o el fondo de comunidades microbianas pueden afectar la PCR o la secuenciación. | Seleccione primero una química de extracción microbiana/ambiental con control de inhibidores antes de basarse solo en la etiqueta de flujo de trabajo viral/de patógenos. | Kits microbianos y ambientales |
Para el análisis de patógenos en matrices difíciles, la selección de producto debe considerar tanto la matriz de la muestra como la estructura del organismo diana. Los objetivos virales suelen liberarse con mayor facilidad porque no requieren ruptura de pared celular. Las bacterias Gram negativas o de pared delgada pueden recuperarse a menudo cuando el flujo de trabajo específico de la matriz ya proporciona lisis química y control de inhibidores suficientes. En cambio, bacterias Gram positivas, hongos, levaduras o esporas pueden requerir una lisis más intensa o disrupción física adicional, como bead beating. Para aplicaciones orientadas a mNGS, también puede requerirse reducción del fondo del huésped o enriquecimiento de patógenos.
Comparación técnica de los sistemas Magen para extracción viral / de patógenos
Sistemas de extracción viral rutinaria
| Producto | Tecnología | Entrada de muestra | Tipo principal de muestra | Estrategia clave | Uso recomendado |
|---|---|---|---|---|---|
| HiPure Viral DNA/RNA Kit (IVD4175) | Columna de centrifugación | 200 µL | Plasma, suero, fluidos corporales, sobrenadante de cultivo | Purificación rápida en columna de sílice optimizada para muestras con bajo contenido celular | Extracción rápida de ADN/ARN viral para flujos de trabajo de PCR / RT-PCR, estudios de carga viral y análisis de virus respiratorios |
| HiPure Viral DNA/RNA Kit (IVD4173) | Columna de centrifugación | 200 µL | Plasma, suero, fluidos corporales, sobrenadante de cultivo | Purificación de ácidos nucleicos virales en columna con digestión con proteinasa | Extracción rutinaria de ácidos nucleicos virales, análisis de virus basado en PCR y flujos de trabajo de vigilancia o cribado viral |
| HiPure Viral RNA Kit (R4171) | Columna de centrifugación | 140 µL | Plasma, suero, fluidos corporales, sobrenadante de cultivo | Recuperación de ARN viral asistida por Carrier RNA | Extracción de ARN viral para ensayos RT-PCR, análisis de virus de ARN, investigación virológica y análisis de transcritos virales |
| MagPure Viral DNA/RNA Kit (IVD5412) | Perlas magnéticas | 200 µL | Plasma, suero, fluidos corporales, sobrenadante de cultivo | Adsorción sobre perlas magnéticas para purificación automatizada de ácidos nucleicos virales | Extracción automatizada de ADN/ARN viral, cribado viral de alto rendimiento, análisis de virus respiratorios y flujos de trabajo moleculares de laboratorio |
Sistemas de extracción y enriquecimiento de patógenos
| Producto | Tecnología | Entrada de muestra | Tipo principal de muestra | Estrategia clave | Uso recomendado |
|---|---|---|---|---|---|
| HiPure Pathogen RNA/DNA Kit (IVD4179) | Columna de centrifugación | hasta 1 mL | Sangre total, plasma, suero, esputo, fluidos corporales, homogenado de tejido | Reducción del fondo del huésped y enriquecimiento de patógenos mediante columna | Enriquecimiento de patógenos mediante columna para muestras ricas en material del huésped orientadas a mNGS, investigación de enfermedades infecciosas y reducción del fondo del huésped antes de la secuenciación |
| MagPure Pathogen DNA/RNA Kit (IVD6672) | Perlas magnéticas | 200 µL | Plasma, suero, fluidos corporales, sobrenadante de homogenado | Disrupción en tubo con perlas asistida por Proteinase K y purificación con perlas magnéticas | Análisis de patógenos por PCR / qPCR, recuperación de ácidos nucleicos microbianos mixtos y estudios de patógenos en muestras respiratorias o fluidos corporales |
| MagPure Pathogen RNA Kit (IVD6672C) | Perlas magnéticas | hasta 0,5 mL | Esputo y muestras biológicas sin células o con bajo contenido celular | Disrupción en tubo con perlas asistida por SDS, digestión con Proteinase K, tratamiento con DNase y purificación de ARN con perlas magnéticas | Extracción de ARN de patógenos en esputo, análisis de ARN orientado a TB, análisis de ARN bacteriano e investigación de patógenos respiratorios |
| MagPure Pathogen DNA/RNA Kit B (R6672B) | Perlas magnéticas | hasta 0,5 mL | Plasma, suero, suspensión de homogenado | Sistema de reactivos de bajo fondo con disrupción en tubo con perlas asistida por SDS y purificación con perlas magnéticas | Secuenciación dirigida de patógenos, paneles de patógenos, análisis microbiano de baja biomasa y preparación de ácidos nucleicos de bajo fondo |
| MagPure Pathogen DNA/RNA Enrich Kit (R6672C) | Perlas magnéticas | 1–1,5 mL | Sangre total, plasma, suero, esputo, fluidos corporales, homogenado de tejido | Reducción del fondo del huésped y enriquecimiento de ácidos nucleicos de patógenos antes de la purificación con perlas magnéticas | Enriquecimiento de patógenos basado en perlas magnéticas para muestras ricas en material del huésped orientadas a mNGS, reducción del fondo del huésped antes de la secuenciación y recuperación de señal de patógenos de baja abundancia |
Para especificaciones detalladas de producto, descripciones de flujo de trabajo y notas de manejo específicas del protocolo, consulte las páginas individuales de producto y los manuales.