HiPure Circulating DNA Kit

Magen desarrolla tecnologías de extracción de ácidos nucleicos desde hace más de diez años, con un enfoque constante en los sistemas de purificación basados en membrana. HiPure Circulating DNA Kit (IVD3182) representa el formato en columna dentro de la gama de ADN circulante y está diseñado para flujos con plasma y suero de 1–5 ml de volumen de entrada.

El kit utiliza un sistema de purificación con membrana de sílice asistido por vacío, optimizado para recuperar fragmentos de ADN circulante de baja abundancia y mantener al mismo tiempo un rendimiento estable de filtración. La arquitectura de la membrana y la formulación del tampón de unión se han perfeccionado mediante procesos internos de optimización y validación.

En las pruebas internas de verificación, la eficiencia de recuperación de fragmentos cortos de ADN superó habitualmente el 80% bajo condiciones controladas de extracción. Los experimentos con entradas de 5 ml de plasma mostraron concentraciones estables de cfDNA entre réplicas y un rendimiento comparable al de sistemas consolidados de purificación de ADN circulante en columna procesados bajo condiciones equivalentes.

· Los laboratorios que trabajan con distintos formatos de flujo pueden consultar:

· Volúmenes pequeños de plasma, 0,6 ml → ( D3180 )

· Procesamiento de 1 ml → ( D3181 )

· Flujo basado en centrifugación → ( D3182D )

· Automatización con perlas magnéticas → ( IVD5435 )

Flujo de trabajo

Descripción general del flujo de trabajo

HiPure Circulating DNA Kit utiliza un flujo basado en columnas de sílice para purificar ADN circulante a partir de muestras de plasma y suero. Tras una lisis asistida por ARN transportador, el ADN se captura en la membrana de sílice bajo condiciones de unión optimizadas y se recupera mediante pasos de lavado, secado y elución. Este flujo proporciona un procedimiento estructurado y reproducible para la extracción rutinaria de cfDNA. Existe una variante basada en centrifugación, D3182D para laboratorios que prefieren la manipulación mediante centrifugación en lugar del procesamiento por vacío.

Lógica de procesamiento de la muestra

El flujo está diseñado para entradas de 1–5 ml de plasma o suero; la principal variación se concentra en las etapas de lisis y unión cuando se procesan volúmenes mayores. Una vez establecidas las condiciones de unión del ADN, los pasos posteriores de purificación en columna permanecen constantes, lo que favorece un rendimiento estable en condiciones rutinarias.

Características de tiempo y flujo de trabajo

En operación manual habitual, el flujo completo suele finalizar en aproximadamente 65–80 minutos, dependiendo principalmente del volumen de entrada y de las condiciones de lisis. Para consultar las condiciones paso a paso, la orientación del flujo y los tiempos estimados de procesamiento, consulte la Nota de flujo de trabajo en la sección de descargas.

Especificaciones

Principio de extracción

HiPure Circulating DNA Kit está diseñado para purificar ADN libre de células circulante (cfDNA) a partir de muestras de plasma, suero u orina. Los ácidos nucleicos circulantes presentes en líquidos biológicos suelen encontrarse a baja concentración y, con frecuencia, como fragmentos cortos de ADN.

Las muestras se lisan con un tampón caotrópico y Proteinase K para liberar los ácidos nucleicos de los complejos proteicos y proteger el ADN frente a la degradación. Se incorpora ARN transportador para mejorar la eficiencia de recuperación de moléculas de ADN de baja abundancia.

Bajo condiciones de unión optimizadas, los fragmentos de ADN circulante se unen a la membrana de sílice de la columna HiPure cfDNA, mientras que las proteínas y otros contaminantes atraviesan la membrana durante la filtración. Después de lavados secuenciales para eliminar las impurezas residuales, el ADN purificado se eluye con un tampón de baja concentración salina adecuado para los flujos posteriores de análisis molecular.

Características de ingeniería

Arquitectura optimizada de la membrana de la columna

La evaluación interna de distintas configuraciones de membrana mostró que una estructura de sílice de tres capas ofrecía un equilibrio eficaz entre la adsorción de ADN y el tiempo de filtración durante la extracción de cfDNA.

Optimización del tampón de unión

Se desarrolló una formulación actualizada del tampón de unión (ACB) para reducir la viscosidad de la solución durante el procesamiento de plasma. Las pruebas internas mostraron que esta modificación mejoraba la eficiencia de filtración y mantenía un rendimiento comparable de recuperación de ADN.

Diseñado para el procesamiento de grandes volúmenes de plasma

El formato de columna permite procesar muestras de plasma a escala de mililitros y recuperar moléculas de ADN circulante de baja abundancia, habituales en muestras clínicas de biopsia líquida.

Integración en el sistema

IVD3182 forma parte de una estructura organizada de productos para ADN circulante:

• Extracción a partir de pequeños volúmenes de plasma → (D3180)

• Flujo estándar de 1 ml → (D3181)

• Procesamiento por centrifugación → (D3182D)

• Flujo magnético escalable → (IVD5435)

• Flujos de selección de fragmentos → (12927)

Validación técnica

Se realizaron experimentos de validación para evaluar la eficiencia de recuperación y la reproducibilidad del sistema de purificación.

Pruebas de recuperación de ADN corto

Los ensayos de recuperación con marcadores mostraron eficiencias de recuperación de ADN generalmente superiores al 80%, lo que confirma una captura eficaz de las moléculas de ADN fragmentado características de los ácidos nucleicos circulantes.

Pruebas de uniformidad entre lotes

Las verificaciones entre lotes mostraron una recuperación estable de ADN en diferentes lotes de producción, con tasas de recuperación sistemáticamente superiores al 80% y una variación mínima entre los lotes evaluados.

Validación con muestras de orina

Los experimentos de extracción de orina con fragmentos cortos de ADN añadidos mostraron eficiencias de recuperación normalmente comprendidas entre 84% y 102% bajo condiciones optimizadas de extracción.

Validación con muestras de clientes

El rendimiento se evaluó además con 46 muestras de plasma de clientes procesadas con HiPure Circulating DNA Kit bajo condiciones rutinarias en una empresa líder de análisis oncológicos. De estas muestras, 45 se clasificaron como aptas y 1 como muestra de riesgo, lo que indica un rendimiento estable de extracción con entradas de muestras reales.

Los volúmenes de entrada oscilaron entre 3,0 y 6,5 ml, y la mayoría de los flujos se concentraron en aproximadamente 4,5–5,0 ml de plasma. Estos resultados respaldan la idoneidad del sistema para extraer ADN circulante a partir de volúmenes de plasma clínicamente relevantes.

Recuperación según el tamaño de los fragmentos

Las moléculas de ADN libre de células circulante suelen estar fragmentadas y a menudo se sitúan dentro del intervalo de tamaño del ADN nucleosómico.

Los experimentos de recuperación con marcadores cortos de ADN confirmaron que el sistema de purificación puede capturar fragmentos de aproximadamente 50 pb con eficiencias de recuperación superiores al 80%.

El análisis del ADN circulante extraído de muestras de suero mostró distribuciones de fragmentos normalmente comprendidas entre aproximadamente 150 y 1000 pb, de acuerdo con las características descritas para el cfDNA.

Estos resultados indican que la química de purificación permite recuperar ADN circulante fragmentado adecuado para los análisis moleculares posteriores.

Comparación de rendimiento

Se realizaron experimentos comparativos de extracción con muestras de plasma procesadas mediante HiPure Circulating DNA Kit y un sistema comercial de extracción de cfDNA ampliamente utilizado.

En las pruebas con muestras de plasma de 5 ml, la cuantificación por Qubit indicó que las concentraciones de ADN obtenidas con el sistema HiPure fueron comparables o superiores a las obtenidas con el kit de referencia en columna en varias réplicas.

Los experimentos posteriores de preparación de bibliotecas demostraron que el ADN extraído era compatible con los flujos de ligación de adaptadores y amplificación por PCR utilizados para construir bibliotecas de secuenciación.

Kit Contents

Storage and Stability

Proteinase K, Carrier RNA should be stored at 2-8°C upon arrival. However, short-term storage (up to 12 weeks) at room temperature (15-25°C) does not affect their performance. The remaining kit components can be stored dry at room temperature (15-25°C) and are stable for at least 18 months under these conditions. The entire kit can be stored at 2-8°C, but in this case buffers should be redissolved before use. Make sure that all buffers are at room temperature when used.

Experiment Data

Para seleccionar el sistema de extracción de ADN más adecuado según el tipo de muestra, el volumen de entrada y los requisitos del flujo de trabajo:

👉 Guía de selección de kits Magen

Para consultar una visión técnica más amplia de las rutas de trabajo de cfDNA, la lógica de procesamiento y la orientación de las aplicaciones posteriores:

👉 Flujos de extracción y enriquecimiento de cfDNA

Para revisar la estructura de referencia y la lógica comparativa de procesamiento de flujos representativos de cfDNA y ácidos nucleicos circulantes:

👉 Notas de flujo de trabajo de cfDNA

• IVD3182 — flujo de extracción de cfDNA en columna para entradas rutinarias de 1–5 ml de plasma o suero.
• IVD5435 — flujo de extracción de cfDNA con perlas magnéticas para el procesamiento escalable de grandes volúmenes de plasma o suero.
• 12927 — flujo de enriquecimiento de fragmentos para recuperar fracciones cortas de cfDNA y reducir el fondo de fragmentos largos.
• R4316 — flujo en columna para ADN/ARN circulante y ARN/microARN, con captura de gran volumen seguida de concentración en Micro Column.

Notas de aplicación relacionadas con cfDNA: estas notas ayudan a explicar cómo se integra esta ruta de extracción de ADN circulante en distintos flujos de investigación de cfDNA plasmático y en los requisitos de los ensayos posteriores.

👉 Mapa de aplicaciones · ctDNA en oncología · Biomarcadores de metilación