Los tejidos fijados en formalina e incluidos en parafina (FFPE) se utilizan ampliamente en investigación clínica y flujos de trabajo moleculares. Sin embargo, la fijación con formaldehído introduce enlaces cruzados entre los ácidos nucleicos y las proteínas, lo que provoca fragmentación y reduce la eficiencia de extracción.
Una extracción eficaz de ácidos nucleicos de muestras FFPE requiere flujos de trabajo optimizados para revertir los enlaces cruzados, eliminar contaminantes y recuperar ADN o ARN fragmentado adecuado para aplicaciones posteriores como PCR, qPCR y secuenciación de nueva generación (NGS).
Magen ofrece un sistema completo de preparación de muestras FFPE basado en tecnologías de membrana de sílice y perlas magnéticas, que cubre flujos de trabajo de extracción de ADN, extracción de ARN y coextracción de ADN/ARN según distintos requisitos experimentales.
Esta guía ayuda a laboratorios y distribuidores a seleccionar kits de extracción FFPE adecuados según el tipo de muestra, la preferencia de flujo de trabajo y la aplicación posterior.
Para una descripción técnica por ruta de los flujos de trabajo de extracción de ADN, ARN y coextracción de ADN/ARN de muestras FFPE, incluyendo partición temprana, adsorción secuencial, selección de fragmentos de ADN y flujos de ARN con DNase integrada:
👉 Flujos de trabajo de extracción de ácidos nucleicos FFPE explicados
La selección puede basarse en el tipo de ácido nucleico objetivo, la aplicación posterior y los requisitos de calidad del ácido nucleico:
Para flujos de trabajo rutinarios en columna, consulte (HiPure FFPE DNA Kit, D3126) | Ver flujo de trabajo
Para flujos de trabajo orientados a NGS, consulte (MagPure FFPE DNA Kit, D6323B) | Ver flujo de trabajo
Para requisitos de alta pureza, consulte (MagPure FFPE DNA Kit (High Pure), D6323D) | Ver flujo de trabajo
Para extracción rutinaria de ARN de muestras FFPE, consulte (HiPure FFPE RNA Kit, R4143) | Ver flujo de trabajo
Para ARN de FFPE con bajo arrastre de ADN (flujo en columna), consulte (HiPure FFPE RNA Plus Kit, R4144)
Para ARN de FFPE con bajo arrastre de ADN (flujo magnético), consulte (MagPure FFPE RNA Kit, IVD3022) | Ver flujo de trabajo
Para flujos de trabajo de alta recuperación, consulte (MagPure FFPE DNA/RNA Kit, R6327) | Ver flujo de trabajo
Para flujos sensibles a la integridad del ARN, consulte (MagPure FFPE DNA/RNA Kit, IVD3026) | Ver flujo de trabajo
Para flujos de trabajo basados en columna, consulte (HiPure FFPE DNA/RNA Kit, IVD5116) | Ver flujo de trabajo
| Producto | Tecnología | Ácido nucleico | Estrategia clave | Uso recomendado |
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HiPure FFPE DNA Kit (D3126) ⭐ |
Columna de centrifugación | ADN | Purificación con membrana de sílice tras la lisis FFPE y la reversión de enlaces cruzados | Extracción rutinaria de ADN de muestras FFPE para PCR, genotipado y análisis de mutaciones |
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MagPure FFPE DNA Kit (D6323B) |
Perlas magnéticas | ADN | Purificación selectiva por tamaño de fragmento | Preparación de bibliotecas NGS y análisis de mutaciones a partir de ADN FFPE |
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MagPure FFPE DNA Kit (High Pure) (D6323D） |
Perlas magnéticas | ADN | Química de purificación con doble unión | PCR, qPCR y ensayos moleculares sensibles a inhibidores |
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HiPure FFPE RNA Kit (R4143) |
Columna de centrifugación | ARN | Purificación de ARN en columna de sílice | Extracción rutinaria de ARN de muestras FFPE para RT-PCR y análisis de expresión génica |
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HiPure FFPE RNA Plus Kit (R4144) |
Columna de centrifugación + DNase I |
ARN | Purificación en columna con digestión de DNase en columna | Preparación de ARN FFPE con menor arrastre de ADN genómico para qRT-PCR, análisis de expresión génica y ensayos posteriores sensibles al ADN |
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MagPure FFPE RNA Kit (IVD3022) |
Perlas magnéticas + DNase I |
ARN | Purificación magnética con tratamiento de DNase | Purificación automatizada de ARN FFPE con digestión de DNase para qRT-PCR, análisis de expresión génica y otros flujos de ARN sensibles al ADN |
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HiPure FFPE DNA/RNA Kit (IVD5116) |
Columna de centrifugación | ADN + ARN | El ADN precipita durante la lisis mientras el ARN permanece en el sobrenadante, seguido de purificación separada en columna | Purificación paralela de ADN y ARN para PCR, PCR en tiempo real y pirosecuenciación |
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MagPure FFPE DNA/RNA Kit (R6327) ⭐ |
Perlas magnéticas | ADN + ARN | Adsorción magnética secuencial | Coextracción de ADN/ARN de alta recuperación, estudios multiómicos y análisis paralelo de ADN/ARN |
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MagPure FFPE DNA/RNA Kit (IVD3026) |
Perlas magnéticas | ADN + ARN | Partición temprana de ácidos nucleicos durante la digestión | Coextracción FFPE de ADN/ARN con enfoque en ARN, secuenciación de exoma de ARN y flujos que priorizan la integridad del ARN |
Para especificaciones detalladas de producto y descripciones de flujo de trabajo, consulte las páginas individuales de cada producto.
Las soluciones de extracción FFPE de Magen se organizan en tres categorías de flujo de trabajo: extracción de ADN, extracción de ARN y coextracción de ADN/ARN. Los sistemas basados en columna ofrecen un rendimiento estable y reproducible para flujos rutinarios de laboratorio, mientras que los sistemas de perlas magnéticas permiten un procesamiento flexible y compatible con automatización.
Una extracción eficaz de ácidos nucleicos de muestras FFPE requiere flujos de trabajo optimizados para revertir enlaces cruzados, eliminar contaminantes y recuperar ADN o ARN fragmentado adecuado para aplicaciones posteriores como PCR, qPCR y secuenciación de nueva generación (NGS).
Dentro del sistema, los flujos de trabajo principales están representados por HiPure FFPE DNA Kit (D3126) y MagPure FFPE DNA/RNA Kit (R6327), mientras que otros kits ofrecen soluciones optimizadas para aplicaciones específicas, como la preservación de la integridad del ARN, la selección por tamaño de fragmento o la recuperación de ADN de alta pureza.
Este enfoque estructurado permite a los laboratorios seleccionar flujos de extracción según sus prioridades experimentales, en lugar de adaptar el trabajo a un único formato de kit.
